行政诉讼应诉文件材料归档的方式为应当按照一案一卷的原则建立案卷，并按照有关规定在结案或者是终止案件调查后将案卷移交档案部门保管或者自行保管。行政诉讼应诉文件材料如何归档的法律依据

《公安机关办理行政案件程序规定》第二百六十条

对在办理行政案件过程中形成的文书材料，应当按照一案一卷原则建立案卷，并按照有关规定在结案或者终止案件调查后将案卷移交档案部门保管或者自行保管。

《中华人民共和国诉讼法》第二条

公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼。

前款所称行政行为，包括法律、法规、规章授权的组织作出的行政行为。