船长在执行航次任务时的具体职责是：

1.审批大副编制的货物配载计划，亲自监督危险货物的装卸，严格执行乘员定额和载重线规定，不得超载。

2.开航前，主持航次会议，通知各部门做好航次任务的一切准备。

3.航行中，督促船舶各部门认真落实航次计划，做好消防等演习工作，积极应对各种检查，积极防御海盗。

4.停泊期间，布置好值班等注意事项，配合港口当局做好相关事宜。

5.出现海事事故或危险情况时，及时联系救援并组织自救。在船舶沉没不可避免的情况下，可以下令弃船，但应尽量提前获得船舶所有人的同意。弃船时，积极组织人员撤离船舶，收集好航海日志、轮机日志、车种记录簿、国旗等重要文件和物品。船长应在确认所有人员和重要文件、物品已经安全离船的情况下，最后离船。

6.船舶检修时，认真审核各种修理计划等。

最后需要注意的是，船长的各项职责并不因引水员(引航员)在船引领船舶而解除。换句话说，即便在进出港口、通过狭窄水道等由引水员在船上引领船舶航行时所发生的事故，如刮擦、碰撞、搁浅、沉没等，也均由船长负责。因此，船长在船上的职责是绝对的。