清洁提单是指没有在提单上对货物的表面状况作出货损或包装不良之类批注的提单，它表明承运人在接收／装船时，该货物的表面状况良好。因此，根据法律规定，如果签发了清洁提单，又没有对在表面存在明显瑕疵的情况下做批注，那么承运人就应该承担签发清洁提单的责任，后期货物因包装问题而发生损害的话，承运人要给予一定赔偿。

不清洁提单是否会影响清关

清关即结关，是指进出口或转运货物出入一国关境时，依照各项法律法规和规定应当履行的手续。

清关只有在履行各项义务，办理海关申报、查验、征税、放行等手续后，货物才能放行，货主或申报人才能提货。同样，载运进出口货物的各种运输工具进出境或转运，也均需向海关申报，办理海关手续，得到海关的许可。货物在结关期间，不论是进口、出口或转运，都是处在海关监管之下，不准自由流通。

如果是不清洁提单，商家会及时进行更换的，否则也将不会过关。

《中华人民共和国海商法》第七十六条承运人或者代其签发提单的人未在提单上批注货物表面状况的，视为货物的表面状况良好。