实践中，公司股东资格认定困难的原因是因为公司设立和股权转让过程中种种不规范行为大量存在。例如有的股东实际出资，却没有在公司章程上签名;有的股东没有实际出资却在公司章程上签名;有的股东在股东名册上有记载在工商登记上却没有登记;有的股东转让股权却没有变更工商登记和股东名册记载。对股东资格进行认定时究竟采取何种标准，笔者认为应当在综合考虑各种证据的基础上，对不同的法律关系适用不同的认定规则，区分公司内外部法律关系，综合认定股东资格。具体应遵循以下原则：

第一，维护公司法律关系的稳定。公司作为社团，涉及利益主体众多，法律关系复杂，应当保持公司内部各种法律关系的相对稳定性。如公司股东、董事经理层、股东及公司以外的人。公司案件的法律关系也比较复杂，往往既涉及实体又有程序问题。处理不好，轻则损害股东、投资人的合法利益，重则危及公司整体的发展。审判实践特别是处理企业内部利益冲突引起的纠纷时，应切实做到化解矛盾、理顺关系、安定人心、维护秩序，不能轻易否定公司股东资格，更不能轻易否定公司的成立。[5]

第二，遵循商法的公示外观主义。市场经济中相对人在与公司交易的过程中，通常是通过工商登记、公司章程等外观表象来判断公司及股东的资信情况，而公司法律制度规定的工商登记、公司章程等事项必须对外公示，其目的之一就是在于使当事人简化交易程序、降低交易成本，相对人不应承担公司外观特征不实造成的交易成本和风险。

第三，保护善意第三人利益的原则。相对人有理由信赖公司的外观和公示事项时，其信赖利益应当依法予以保护。公司内部法律关系复杂，一个与公司交易的善良当事人是不可能对公司内部的股东一一调查清楚，这在经济上得不偿失，在事实上也很难完成。为了维护交易的安全和秩序，在认定公司股东资格涉及第三人、公司之间以及股东之间的利益冲突时，应当优先考虑第三人的利益。

第四，区分公司的内外部法律关系，保持各方主体的利益平衡。在审理涉及公司股东资格纠纷案件时，如果不涉及公司及公司股东以外的第三人情况下，则应认定为公司内部法律关系。应着重分析当事人的真实意思表示、有无实际履行出资义务等股东资格认定的实质要件。如果纠纷涉及公司及公司股东以外的第三人，则属于公司外部法律关系，此时应偏重于考查公司的外观登记如工商登记、股东名册、公司章程等股东认定的形式要件。认定股东资格既要充分维护公司对外的交易制度，又要充分维护公司制度。