根据违章行为性质而定；如果应当扣分，不会因车辆性质是摩托车而不扣。摩托车和小型客车一样都是机动车，无论是骑摩托车违法还是开小车违法，都是扣驾驶人的分。一个驾驶人只能有一本驾驶证，记分总分只有12分。

一、骑摩托闯红灯扣c1分吗?

骑摩托车闯红灯不会扣C1分，也不能用C1证去消分。根据《机动车驾驶证申领和使用规定》附件文件《准驾车型及代号》可知，C1驾驶证准予驾驶的其他车型中只有C2、C3、C4，而没有包含摩托车的准驾车型代号D、E、F等，所以虽然持有C1驾驶证的，是不可以开摩托车的。如果用C1去消分，就是违反了道路交通安全法的规定，根据《道路交通安全违法行为记分分值》中的规定：“驾驶与准驾车型不符的机动车的，一次记12分。”所以是不能用C1去消分的。

二、骑摩托车闯红灯扣分吗？

不会直接扣分。电子眼拍闯红灯只能识别车辆牌照，并不能识别驾驶员，所以不会随便扣车主的驾照分，也许骑车的另有其人呢。这时候就要看去处理该违章的骑车人有什么驾驶证决定处罚情况了。两种情况：

1、骑摩托车的人有摩托车驾驶证，这时候和汽车驾驶证没有关系，各管各。摩托车违章就扣摩托车驾驶证的分。

2、骑摩托车的人没有摩托车驾驶证，只有汽车驾驶证;这时候就有关系了，属于准驾不符，汽车驾照会被扣12分。

三、车辆违章扣分新规

车辆违章扣分新规：机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分的，公安机关交通管理部门应当扣留其机动车驾驶证。机动车驾驶人对道路交通安全违法行为处罚不服，申请行政复议或者提起行政诉讼后，经依法裁决变更或者撤销原处罚决定的，相应记分分值予以变更或者撤销。