行政部门公职人员被批捕后一般不可以开除。法院定罪原则是指未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。对公务员的处分，应当事实清楚、证据确凿、手续完备。法律依据《行政部门公务员处分条例》第十七条违法违纪的行政部门公务员在行政部门对其作出处分决定前，已经依法被判处刑罚、罢免、免职或者已经辞去领导职务，依法应当给予处分的，由行政部门根据其违法违纪事实，给予处分。行政部门公务员依法被判处刑罚的，给予开除处分。《刑事诉讼法》第十二条未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。

一、拘留与批捕有什么区别

1、适用条件不同

(1)拘留的条件是：拘留的对象是现行犯或者重大嫌疑分子；有法定的某种紧急情形。上述两要件，只有同时具备、才可拘留。

(2)逮捕的条件是：有证据证明有犯罪事实；可能判处徒刑以上的刑罚；采取、监视居住等方法尚不足以防止发生社会危险性，而有逮捕必要的。以上三个条件必须同时具备才能逮捕。

2、有权决定拘留，与有权批准、决定逮捕的机关不完全相同。一般刑事案件由公安部门决定和执行。人民检察院直接受理的案件中，需要拘留犯罪嫌疑人的，由人民检察院作出决定，由公安部门执行。

3、羁押的期限不同。拘留的羁押期限，通常为14日，最多为37日；逮捕后的侦查羁押期限为2个月，遇到特殊情形的，可以延长。因此说，行政部门公职人员被批捕后是不能开除的。只有犯罪嫌疑人有罪时，人民法院才能对其进行定罪量刑，如果犯罪嫌疑人没有罪的，人民法院是无权对其进行定罪。行政部门如果对公职人员处分的，必须事实清楚、证据确凿、手续完备。