施工合同延迟备案是没影响的。施工合同不需要备案。

住房城乡建设部关于修改《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》的决定

为贯彻落实国务院深化“放管服”改革，优化营商环境的要求，住房城乡建设部决定对《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》作如下修改：

1、删去第四十七条第一款中的“订立书面合同后7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案”。

2、删去第五十三条中的“招标人拒不改正的，不得颁发施工许可证”。

3、删去第五十四条中的“在未提交施工招标投标情况书面报告前，建设行政主管部门不予颁发施工许可证”。

施工合同可以变更，但需要双方协商一致。

《中华人民共和国民法典》

第五百四十三条【协议变更合同】当事人协商一致，可以变更合同。

第五百四十四条【变更不明确推定为未变更】当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。

《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》

第四十六条招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起30日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同；招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。

中标人不与招标人订立合同的，投标保证金不予退还并取消其中标资格，给招标人造成的损失超过投标保证金数额的，应当对超过部分予以赔偿；没有提交投标保证金的，应当对招标人的损失承担赔偿责任。

招标人无正当理由不与中标人签订合同，给中标人造成损失的，招标人应当给予赔偿。

一、施工合同的生效条件是什么？

（一）行为人具有相应的民事行为能力；

（二）意思表示真实；

（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。

综上，施工合同的备案已经全面取消，如果在新法律制度出台之前，已经办理了施工合同的备案，双方协商一致修改了施工合同条款的情况下，可以到住房城乡建设部申请修改备案过的施工合同。