一、农村耕地被占如何处理

1、与直接侵权人协商处理，要求停止侵权行为；

2、找当地村委会，派出所进行调解处理；

3、收集侵权的证据，然后去法院起诉，要求停止侵权，排除妨碍；

4、法律依据：《土地管理法》

第十四条土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理。

单位之间的争议，由县级以上人民政府处理;个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。

当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。

在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。

二、因农村耕地被占提出诉讼的情况怎么处理

1、农村土地承包人等土地使用权人对行政机关处分其使用的农村集体所有土地的行为不服，可以自己的名义提起诉讼；

2、争议双方的一方当事人或知情的公民或组织认为土地违法者已构成了犯罪，有权向人民检察院检举揭发；

3、人民检察院对犯罪嫌疑人的犯罪事实、犯罪的具体情节和各种证据，通过侦查，进行仔细分析，认真研究后，认为犯罪嫌疑人的行为已构成犯罪，且犯罪事实清楚，情节已经查明，证据确凿充分，应予追究刑事责任，提起公诉；

4、我国法律上明确规定了农村耕地是属于集体所有，村民可以向村集体承包耕地，但涉及到他人非法侵占土地的行为，显然是构成了违法行为，需要根据犯罪事实后果进行判决处理，达到犯罪的，还需要根据相关人员的刑事责任。