两者发生的基础不同。国家赔偿是国家机关及其工作人员的违法行为造成的，以违法为前提；国家补偿是由国家合法行为引起的，不以违法为前提。二是性质不同。国家补偿的根本属性在于填补特定受害公民法人或者其他组织的损失，旨在为因公共利益而遭受特殊损失的公民、法人或者其他组织提供补救，以体现其与普通公众的利益平衡，并不意味着任何对国家的困难。这可以说是两者最重要的区别。三是时间要求不同。国家赔偿责任的前提是损害的实际发生，即先有损害，再有赔偿；而且国家补偿可以在损害发生损害发生后进行。四是两者承担责任的方式不同。国家赔偿责任以金钱赔偿为原则，以恢复原状、返还财产为辅；国家补偿责任大多是支付一定数额的钱。

5、工作人员的责任不同。国家赔偿制度中有追偿制度。国家赔偿受害人损失后，应当向有故意或者重大过失的国家机关工作人员追偿，但国家补偿制度中没有追偿制度。