1、债务履行主体不同。在债权转让的情况下，承担债务清偿责任的仍是原合同的债务人;而第三人代为清偿则是由第三人代债务人进行清偿。

2、债权享有主体不同。在债权转让的情况下，享有债权的为第三人或者原债权人；而第三人代为清偿则是由第三人向原合同关系的债权人履行。

3、对债务履行主体的意思要求不同，在债权转让的情况下，债权人与第三人达成的债权转让合意只要通知债务人即可，无须征得其同意。而第三人代为清偿分为两种情况：一种情况是第三人与债务人之间无任何经济纠葛，如果由第三人代为清偿，则必须经过第三人同意，因为任何人不能未经他人许可给他人设定义务；另一种情况是第三人与债务人之间有经济纠纷，债务人对第三人享有债权，此种情况下，因第三人对债务人负有履行义务，债务人可以与债权人直接约定由第三人直接向债权人进行清偿，而无须经过第三人同意。

4、第三人的主体地位不同。在债权转让中，第三人成为合同关系的当事人，如果是债权全部转让，则第三人将完全取代原债权人的地位，原债权人退出合同关系，即使是部分转让，第三人也将加入合同关系成为债权人。而第三人代为清偿中的第三人只是债务人的履行辅助人，不是合同关系的当事人。

5、履行不能的法律后果不同。在债权转让中，如果债务人不能履行债务，要向第三人即新的债权人承担责任；而第三人代为清偿中的第三人如果不能清偿，则由债务人承担履行不能的责任。