刑事案件中可以提不起诉意见的有检察院。犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。

刑事案件中如何对鉴定意见进行质证

刑事案件中对鉴定意见进行质证主要有：

1．对鉴定主体的审查与质证；

2．对鉴定材料的审查与质证；

3．对鉴定过程的审查与质证；

4．对鉴定意见文书形式要件的审查与质证；

5．对鉴定意见关联性的审查与质证；

6．鉴定意见告知程序的审查与质证。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条

犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。

人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。