员工交了辞职申请，但没办理离职手续，可以作自动离职处理。自动离职是指员工擅自离职而强行与用人单位解除劳动关系的一种行为。员工可能要承担赔偿责任。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。

员工擅自离职的注意事项

擅自离职是指劳动者不辞而别的一种违法行为，其与用人单位的劳动关系实际上处于一种尚未结束的状态。提示：新的用人单位在未见到被录用员工出示的解除劳动合同证明书的情况下便予以录用，应按《劳动法》第九十九条“用人单位招用尚未解除劳动合同的劳动者，对原用人单位造成经济损失的，该用人单位应当依法承担连带赔偿责任”的规定执行；职工擅自离职，抵押金也应返还。因劳部发【1995】309号《关于贯彻执行若干问题的意见》第24条明确指出：用人单位在与劳动者订立劳动合同时，不得以任何形式向劳动者收取定金、保证金（物）或抵押金（物）。对违反以上规定的，由公安部门和劳动行政部门责令用人单位立即退还给劳动者本人；职工擅自离职按自动离职处理而发生的劳动争议也属于劳动争议处理范围。

《中华人民共和国劳动法》第三十一条劳动者解除劳动合同，应当提前三十日以书面形式通知用人单位。