1.分公司是不是独立核算由公司自由决定。

2.营业税或者增值税等流转税种在当地缴纳，但如果你公司跨地区设立了总分机构，所得税应当适用国税发

(2008)28号文件，由总公司汇总计算，分公司按比例当地预交。

3.基于所得税汇总缴纳，你们肯定要汇总整个公司的报表，但是同时也要分开核算，能够区分分公司的收入，工资，资产(建议做总公司下面的部门核算单位)。

4.总公司收不收取管理费用仅是你们公司内部的利润分配计算方式，因所得税要汇总计算，不会对整个公司所得税产生影响。

5.总公司收取管理费用的分录建议做管理费用的内部冲销，或者挂其他应收应付等往来科目，总公司最好不要确定收入，否则又要多交一道流转税。

一、分公司是具有法人资格吗

分公司不具备法人资格。分公司属于总公司分支机构，在法律上、经济上没有独立性，不具有企业法人资格，仅仅是总公司的附属机构。分公司没有自己的名称、章程，没有自己的财产，并以总公司的资产对分公司的债务承担法律责任。

具备法人资格应当符合的条件有：

1、依法成立；

2、有必要的财产或者经费；

3、有自己的名称、组织机构和场所；

4、能够独立承担民事责任。

二、独立核算的分公司和非独立核算的分公司有何不同

二者区别如下：

1、独立核算分公司（即法人机构）和非独立核算的分公司（即非法人机构）在增值税征管上是一致的，都在其经营地就地缴纳增值税；

2、独立核算分公司企业所得税是单独核算缴纳的，非独立核算的分公司即是分支机构，企业所得税是汇总缴纳的。