补充侦查两次证据不足的，检察院应当作出不起诉的决定。

根据《刑事诉讼法》第一百七十五条规定，人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。

人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。

对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。

对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。

一、毒品案例证据不足的案例怎么处理

毒品案例证据不足的案例的处理为：在案件审查期间，人民检察院可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。进入审判程序后，证据不足，不能认定被告人有罪的，人民法院应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。

二、检察院不批捕真的需要继续侦查吗

检察院不批准逮捕需要继续侦查的。逮捕是国家司法机关在一定时间内完全剥夺犯罪嫌疑人或者被告人人身自由的强制措施。检察院不批准继续侦查，即补充侦查，是指公安机关或者人民检察院按照法定程序，在原有侦查工作的基础上，对案件中的一些事实进行进一步调查和补充证据的诉讼活动。法律规定，人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。