由于黑白合同的效力有争议，在目前的司法实践中，发生纠纷后一般按两种办法处理：1、合同需要备案的，以备案的合同为准。如果备案的合同没有实际履行，而实际履行的合同中有违法利益，则价格以实际履行的合同为准，其余按照备案的合同约定。2、不需要批准，也无须备案，则以实际履行的合同为准。

如何对待黑白合同的问题

《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条规定：当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。本条针对的就是依法应当招标的工程存在“黑白合同”的情形，是为了与《招标投标法》第46条的规定相一致，确保当事人能够将通过公开、公平、公正招投标程序确定的实质性内容落实到合同当中，并确保当事人按照该实质性内容履行。《招标投标法》第46条规定：招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。因此，当依法应当招标的工程的发包方与承包方在工程价款、工程质量、工期方面发生纠纷，在诉讼时应以备案的中标合同为结算工程价款的依据。

至于其他不属于依法应当招标的工程签订“黑白合同”，发生纠纷后以哪一份合同为依据呢笔者认为，要按照《民法典》的相关规定执行：有时间先后的，以后签订的合同为准；没有时间先后或不能证明的或虽有时间先后但双方实际履行的是先签订的合同的，以实际履行的合同为准；既无时间先后，又无法证明实际履行情况的，则以备案的合同为准。

《中华人民共和国民法典》

第一百五十三条违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。

违背公序良俗的民事法律行为无效。

第一百五十四条行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效。