应适用“举证责任倒置”的原则。所谓刑讯逼供的“举证责任倒置”是指在指控刑讯逼供的案件中，被害人一方提供一定的证据证明司法工作人员有刑讯逼供的行为，但因时过境迁等自然原因，案件事实无法查清、证据不足时，审讯人员则必须证明其没有刑讯逼供行为，反之则应推定其有刑讯逼供的行为。

当然，这种“举证责任倒置”不同于行政诉讼法中的举证责任倒置，它是有前提的，其前提条件是：指控要有一定的证据，如被害人的陈述、伤情鉴定和其他能够证明有刑讯逼供行为发生的证据。其理论依据有以下几点：

我国刑法有适用“举证责任倒置”的先例。我国刑法第八章贪污贿赂罪中规定的巨额财产来源不明罪适用的就是“举证责任倒置”的原则。对刑讯逼供罪适用“举证责任倒置”是由刑讯逼供行为的特殊性所决定的。举报司法工作人员刑讯逼供的人大多数是犯罪嫌疑人，犯罪嫌疑人在被司法工作人员刑讯逼供时，往往是在一些特定的场合，人身自由已受到一定的限制，本人与外界根本无法联系，更没有能力在受到刑讯逼供时收集证据。而且一般情况下，审讯人员也不会互相指认他人有刑讯逼供行为。

另外，“举证责任倒置”作为一个法律原则，在我国的行政诉讼案件中普遍适用，而刑事诉讼法规定由公诉方负举证责任的规定也并非绝对。在刑事诉讼中，基本上是公诉方承担举证责任，但具体的事实主张，还是谁主张，谁举证。如重伤害案件中，被害人要对被害的事实向侦查机关主张，那么他就要说明其受伤的时间、地点、受伤的经过以及具体的实施者，然后才能由侦查机关进行侦查。在刑讯逼供这个问题上，由于被害人是在特定的时间、特定的地点遭到有特定身份的人员进行的人身侵犯，如果由被害人举证，其显然处于不利境地，这就造成了实践中认定刑讯逼供罪存在很大的困难。反过来，让审讯人员举证则比较方便，如果案件处于事实不清、证据不足的状态，审讯人员就得承担对其不利的后果。