(一)经济体制与制度的不完善

建立社会主义市场经济体制经多年努力虽已初见成效，但是真正实现靠市场这只看不见的手配置资源和调节经济关系还有待进一步完善与规范;现代企业制度也远未建立，产权尚不清晰、政企尚未分开、权责尚需分明、管理有待科学等等这些体制与制度方面的缺失对审计独立性产生了实质性的威胁。

(二)事务所的组织形式与管理模式

我国改制以后的会计师事务所大多是有限责任公司性质。会计师事务所业务的特殊性，决定了其难以以一个独立法人的资格承担相应的法律责任。我国大多数会计师事务所基本上可以用工作场所是租的、审计人员是聘的、赚了现金就分掉、出了问题就解散这样一句话去概括。试想这样一个组织形式、这样一个资产结构、这样一个工作班底，与其所承担的查错纠弊、社会鉴证和维护资本市场正常秩序的社会责任怎么能匹配?审计收益与审计风险的严重脱节，导致了机会主义的泛滥。

(三)审计业务的特殊性和复杂性

审计业务是公众服务性的，从经济学的角度看，审计报告属于公众物品，与具有排他性和竞争性的私人物品相比，公共物品具有非排他性和非竞争性，即审计报告一旦公布，增加一个对它的分享或消费者，并不导致其成本的增长，或者要排除其他人对它的分享或消费是不可能的。审计报告内涵的公共物品属性客观上要求审计应该是免费的，但事实上，审计费用多数情况下是由被审计单位的管理当局支付的，因此经营者并没有聘请审计的内在主动性，聘请审计人员进行审计在相当程度上是国家法律法规强制的结果。审计人员为了自身利益，在相当程度上迎合了被审计单位的利益要求，而削弱了审计的独立性。

审计鉴证原本是审计的主要业务，但是随着审计业务边际收益的逐步下降，事务所业务逐步扩大到税收筹划、管理咨询等方面，非鉴证的管理咨询业务收入所占比重越来越高。多数事务所一边忙于被审计单位的会计控制系统的咨询服务，一边又忙于其所产生的会计信息的公正性;一边忙于所服务单位的税收筹划，一边又忙于其税收稽查审计，事务所审计业务的双重性或两面性大大损害了审计的独立性。

(四)激励与约束机制扭曲

审计是市场经济的产物，市场经济与计划经济的区别不仅仅在是否用价格实现资源配置，更本质的是激励与约束的机制不同。审计的独立性越来越受到激励与约束理念、机制的挑战。就目前我国的会计师事务所来讲，收费偏低或者竞相压价、激励不到位是个普遍的现象，但更重要的问题是约束软化、刹车装置失灵，没有建立一种运行良好的责任追究制度。

(五)审计人员的执业素质

审计人员的执业素质包括专业胜任能力和职业道德两个方面。审计是一个极为特殊的行业，对审计人员的综合素质要求很高，审计人员不仅要具备会计、审计、税务、法律等方面的业务素质，更应具备良好的职业道德;不仅要能干事、会干事，还要想干事、干好事。高尚的情操和道德修养是维护审计独立性的法宝。目前，在审计领域发生的违规、违纪、舞弊、欺诈等有损审计独立性的行为，在相当意义上不是审计人员专业能力不强所造成的，而是审计人员见利忘义、道德败坏、修养不高的结果。