公司被仲裁期间能申请注销，不过不能直接注销。公司未依法办理注销登记直接注销的，其出资人、股东或开办单位需要承担相应的责任。

市场主体注销依法须经批准的，应当经批准后向登记机关申请注销登记。市场主体注销登记前依法应当清算的，清算组应当自清算结束之日起30日内向登记机关申请注销登记。

《中华人民共和国市场主体登记管理条例》第三十一条

市场主体因解散、被宣告破产或者其他法定事由需要终止的，应当依法向登记机关申请注销登记。经登记机关注销登记，市场主体终止。

市场主体注销依法须经批准的，应当经批准后向登记机关申请注销登记。