第一，公司出资。

公司作为法人实体，必须有独立财产进行业务活动和承担债务责任，股东认缴公司注册资本是企业成立的前提。

在股东合作协议中首先就要明确各股东的认缴注册资本金额，出资方式以及实际缴纳注册资本时间。

现行公司法对于出资方式仍然有要求，并非所有对公司有益的资源都可以作为出资，例如在合伙企业中个人能力或者设备使用权可以作为出资，在公司法中却不认可这些资源能够作为公司出资。因此，对于公司出资金额，时间，形式都应当做出明确约定。同时还应当约定好在到期未能出资的违约责任和变通措施，例如其份额可以由其他股东代缴并取得其股权，未出资不得参与利润分配等。

第二，表决权。

表决权是公司股东最重要的权力之一，是股东参与公司事务的主要途径。公司法规定公司股东可以在章程中约定表决权分配，该分配可以不同于股权分配，也就可以不同于认缴和实际缴纳注册资本的比例。这对于平衡创始股东和财务投资者的表决权分配矛盾有重要意义。同时对于那些除了资金外还能给企业带来其他资源或者具有更强的经营管理能力的股东更大的事务决策权也是合理和必要的。

第三，利润分配。

利润分配是股东投资企业的最终目的，如果没有特别约定，企业利润分配的比例应当与股权比例保持一致，但很多时候公司为了更好的体现公司股东的贡献，让公司股东的管理能力，渠道资源参与分配，对利润做出不同于股权比例的约定就是一个不错的解决方式。如果公司有类似不同于股权比例的利润分配安排，在股东合作协议中就要予以明确。

第四，股东协议还可以对股东身份的继承做出约定。

通常来说公司股权可以由继承人继承，但是基于有限公司的人合性，股东也可以通过股东协议和章程的方式做出特别约定，例如只能转让股权而不能继承。

公司法对于这些特别约定所允许的是以公司章程条款的形式，因此必须注意到股东合作协议之外还必须将相关约定体现在章程中。