合同约定甲方所在地法院管辖有效。合同纠纷的当事人可以在合同中约定被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖纠纷。合同纠纷的诉讼时效期间是三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但是，自权利受到损害之日起超过二十年，人民法院不予保护，有特殊情况，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

管辖合同约定

协议管辖又称合意管辖或者约定管辖，是指双方当事人在合同纠纷或者财产权益纠纷发生之前或发生之后，以协议的方式选择解决他们之间纠纷的管辖法院。债权纠纷中，只有合同之债可以协议管辖，2012年民事诉讼法修改，关于协议管辖的适用范围，在原有的“合同”纠纷的基础上，增加了“其他财产权益纠纷”。其他财产权益纠纷包括因物权、知识产权中的财产权而产生的民事纠纷。

《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。