专利侵权纠纷的处理：1、协商与和解：专利权人和被控侵权人均可自行协商或在其他第三方的调解、斡旋下达成和解协议，解决纠纷。2、行政裁决或协调。3、向法院起诉：专利权人在发现侵权人侵犯其专利权后，可以向侵权行为地、被告所在地等相关人民法院提起民事诉讼，要求停止侵权行为赔偿经济损失等。

专利侵权纠纷案例分析

1992年11月10日，重庆康复医学工程研究所（下称研究所）将其便携式电磁波辐射治疗器实用新型专利授权给中亚厂全国独家生产、经营、销售。此后，中亚厂根据该专利技术生产了中亚圣灯治疗器。1994年12月6日，研究所又将便携式电磁波辐射治疗器实用新型专利有偿许可西山厂使用，该协议同时规定双方无不得将此专利技术转让给第三方。西山厂根据该专利技术生产了东方胜灯治疗器。次年3月7日，研究所又与中亚厂签订专利专有权转让协议，协议规定中亚厂享有便携式电磁波辐射器的全国独家所有权。此外中亚厂的法定代表人王某拥有使用于该治疗器上的两项外观设计专利权，王将此两项专利于1994年4月5日转让给中亚厂，但双方未到国家专利局办理有关手续。

原告中亚厂诉称被告西山厂生产的东方胜灯与其生产的中亚圣灯完全相同，且外观设计也基本相同，侵犯了其专利权，要求法院判令西山厂停止、赔礼道歉、赔偿损失30万元，原告同时还提出了财产保全申请。被告西山厂辩称，东方胜灯治疗器与中亚圣灯治疗器在实用新型专利技术上虽有相同，但本厂是经专利权人同意而生产的，故不构成侵权。至于两项外观设计，经对比与中亚圣灯造型及形状均有差异，既不相同也不近似，亦不构成侵权。因此，原告申请财产保全是错误的，并据此提出反诉，要求中亚厂赔礼道歉并赔偿损失57万元。

一审法院审理认为：被告西山厂并未构成对原告专利侵权。理由是，西山厂的东方胜灯是根据其与专利权人研究所签订的实施许可合同而生产的，故不构成侵权。至于两项外观设计专利，虽然专利权人王某与中亚厂签有专利转让协议，但未到国家专利局办理有关手续，故该协议未生效。中亚厂既非专利权人，又非利害关系人，其不具备诉讼主体资格。因中亚厂的诉讼请求无法律依据，其申请财产保全是错误的，中亚厂应对西山厂因此造成的损失承担赔偿责任。西山厂的反诉因与本诉不是基于同一事实或同一法律关系，其反诉不当，应承担相应责任。据此，一审判决驳回原告中亚厂的诉讼请求，由原告中亚厂赔偿因错误申请财产保全给被告西山厂造成的损失299139．6元；被告西山厂的反诉请求不予支持。原告不服一审判决提起上诉，二审法院判决驳回原告上诉，维持原判。

《中华人民共和国民法典》

第一百二十条民事权益受到侵害的，被侵权人有权请求侵权人承担侵权责任。

第一百八十三条因保护他人民事权益使自己受到损害的，由侵权人承担民事责任，受益人可以给予适当补偿。没有侵权人、侵权人逃逸或者无力承担民事责任，受害人请求补偿的，受益人应当给予适当补偿。

第一千一百六十七条侵权行为危及他人人身、财产安全的，被侵权人有权请求侵权人承担停止侵害、排除妨碍、消除危险等侵权责任。

第一千一百六十八条二人以上共同实施侵权行为，造成他人损害的，应当承担连带责任。