1.监视居住的具体执行程序规定模糊，缺乏可操作性。对于监视居住的执行，刑事诉讼法和相关部门的实施细则均作了规定，总体来说涉及两方面的内容：一是对犯罪嫌疑人、被告人住所、居所等活动空间的限制;二是对犯罪嫌疑人、被告人行为自由的限制。刑事诉讼法第五十六条规定：未经批准，不得离开所居住的市、县。但到底限制在什么范围之内，各方面的规定都没有明确，这就给执行工作带来困难。刑事诉讼法还规定了被监视居住者的义务：不得干扰证人作证和不得毁灭、伪造证据和串供。但如何在监视居住中发现被监视居住者违反法定义务的情况，却缺乏有关配套措施和规定，在实践中很难杜绝犯罪嫌疑人、被告人的违法行为。笔者认为，可以借鉴国外的立法来解决这个问题，美国和法国的刑事诉讼法均规定对被限制自由的人实施电子监控，以防止其逃逸和串供。

2.监视居住的规定忽略了对第三者权利的保护。我国对监视居住对象的行为的要求是“未经批准，不得离开居住的市、县。”在现实生活中，犯罪嫌疑人、被告人往往是与家庭成员生活在一起，这些家庭成员并不涉嫌犯罪，其合法权益当然应当受到保护，但监视居住所含之义包括对犯罪嫌疑人、被告人住所的监视，这就导致生活在这个住所里的其他家庭成员的日常生活也处于监视之下，其生活隐私也受到了一定的侵犯。我国诉讼法并没有解决这个问题，使得执法部门处于两难的尴尬境地。

3.三机关就监视居住的解释不协调，甚至互相矛盾。在三机关的解释中，各部门都体现了自己对同一问题的不同观点，造成了不协调之处，主要体现为：

(1)三机关对变更监视居住的条件各不相同。

(2)有的实施细则有扩充解释现象，如公安部实施细则中规定对被监视居住者的身份证、机动车驾驶证的扣押，就是对诉讼法原义的突破，扩大了自己的解释权。

(3)三机关对监视居住的规定出现了重复决定的情况，导致了监视居住期限过长，与刑事诉讼法的规定有出入。

4.无权利救济措施。监视居住是一种限制人身自由的强制措施，而人身自由历来被理论界、实践部门所重视，同时也关乎权利拥有者的根本利益。“有权利必有救济”是一种基本法治理念，各国诉讼法在对人身自由的限制上均有救济方面的详细规定，如律师的参与等等。而我国长期以来所形成的权力至上理念和立法行政化色彩，导致在权利的救济方面的规定为空白，使得犯罪嫌疑人、被告人在自己的权利受到违法限制时无法进行有效的救济。