工程质保金预留比例不高于结算总额的5％，也是出自《清理保证金通知》中的要求。《老办法》并未强制性要求工程质保金的预留比例，只是规定使用政府投资的建设项目按工程价款结算总额5％左右的比例预留保证金，社会投资项目可参照执行。实践中虽然大部分工程项目的质保金的预留比例未超过5％，工程质保金3％最新规定但对于一些新型或风险较大的项目，发包人还是会预留较大比例的工程质保金，作为其项目的风险控制措施。

《建设工程质量保证金管理办法》第七条发包人应按照合同约定方式预留保证金，保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的3％。合同约定由承包人以银行保函替代预留保证金的，保函金额不得高于工程价款结算总额的3％。