一、检察院免于起诉有案底吗

现在不存在免予起诉这一说法，免予起诉是原来检察院用的，内容是被告人虽构成犯罪但由于情节较轻可不予以刑罚处罚，所以不起诉到法院，在检察院直接作出决定免予起诉。现在这个规定没有了，直接可以决定不起诉。如果是在法院阶段的话，对于犯罪情节轻微不需要判处刑罚的，可以免予刑事处罚。你说的这种情况可在法院判免于刑事处罚。这样的没有案底，工作也能保住。

《刑事诉讼法》第十六条:有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪:(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪;(二)犯罪已过追诉时效期限的;(三)经特赦令免除刑罚的;(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。第一百七十七条:法定不起诉的条件，犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。 对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。 人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。

二、签认罪认罚书免于起诉是否有案底

1、签认罪认罚书免于起诉会有案底。只要构成了犯罪就会留有案底，与是否认罪认罚没有关系，犯罪嫌疑人认罪认罚，符合速裁程序适用条件的，应当在十日以内作出决定。因此，认罪认罚不起诉可以依法从宽处理但也是会有案底的。

2、法律依据：《刑事诉讼法》

第十五条犯罪嫌疑人、被告人自愿如实供述自己的罪行，承认指控的犯罪事实，愿意接受处罚的，可以依法从宽处理。