一、对应法院层级不同。《人民检察院刑事诉讼规则(试行)》第三百六十二条规定，各级人民检察院提起公诉，应当与人民法院审判管辖相适应。

二、管辖案件不同。危害国家安全、恐怖活动案件，可能判处无期徒刑、死刑的案件由市检察院管辖，一般案件由区检察院管辖。

三、处理权限不同。市检察院可以提审区检察院的案件。可以对区检察院办理案件提出意见和建议。

一、刑事案件管辖权的规定

刑事案件管辖权规定有：

1.基层人民法院管辖第一审普通刑事案件；

2.中级人民法院管辖下列第一审刑事案件：

（一）危害国家安全、恐怖活动案件；

（二）可能判处无期徒刑、死刑的案件。

3.高级人民法院管辖的第一审刑事案件，是全省（自治区、直辖市）性的重大刑事案件。

二、刑事案件到检察院流程

根据《刑事诉讼法》的规定，在刑事案件由侦查机关侦查终结，向检察院移送审查起诉后，检察院会根据具体案情进行处理：第一、检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，应当依法追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向法院提起公诉，并将案卷材料、证据移送法院。第二、犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有刑诉法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。