教育机构退费纠纷的起诉程序：

1．起诉方准备起诉状和相关证据材料。

2．准备好相关材料后，起诉方向有管辖权的人民法院起诉。

3．人民法院会予以审查，符合起诉条件的，会立案。

4．立案后，起诉方要交纳诉讼费。

5．起诉方等待开庭审理。

《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十二条

起诉必须符合下列条件：

原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；

有明确的被告；

有具体的诉讼请求和事实、理由；

属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。