1、二者性质不同。起诉期限是诉之合法的要件，即起诉能够被法院予以受理的法定条件，规定在行政诉讼法中，系诉讼程序法律制度;诉讼实效是诉之有理由的要件，即原告的诉讼请求能够成立的前提。诉讼时效属于民事实体法律制度。

2、二者立法目的不同。行政诉讼法中之所以设立起诉期限，在于督促相对人尽快行使权利，提高行政机关执法效率，维护行政管理秩序的稳定。如果允许相对人任何时候都可以对行政行为申请救济，势必使行政行为一直处于被质疑和否定的状态，既影响了行政效率，又将给行政管理秩序带来混乱。民事实体法中规定诉讼时效，其目的在于经过法定期间使原权利人丧失权利，使长期存在的事实状态合法化，有利于经济秩序和法律秩序的稳定。

3、二者的起算时间不同。行政诉讼的起诉期限从相对人知道或应当知道具体行政行为之日起计算，其采取的是客观行为的标准，强调“行为”;而诉讼时效的起算时间从当事人知道或应当知道权利被侵害之日起，以当事人主观感知权利被侵害为标准，强调“权利”。

4、二者的期间有无变化不同。起诉期限是一个固定期间，不存在中止、中断的情形。除非有正当事由，并由人民法院决定，才可以对被耽误的法定期限予以延长。而诉讼时效属于可变期间，只要具有法定事由，便可将其中止、中断和延长。

5、人民法院对二者超过法定期间的处理方式不同。人民法院可以依职权审查起诉期限。相对人超过起诉期限起诉的，人民法院将裁定不予受理;受理后发现超过起诉期限的，裁定驳回起诉，即相对人丧失了起诉权。通常情况下，人民法院不主动审查诉讼时效问题。而且，它不是民事诉讼起诉的法定条件，当事人并不丧失起诉权。经人民法院审理超过诉讼时效的，判决驳回原告诉讼请求，即当事人丧失的是胜诉权。