在认定非法批准征用、占有土地罪时，需要注意以下两点：

1、本罪在主观方面必须出于故意，并且具有徇私的目的，如果行为人玩忽职守，严重不负责任，过失致使土地被非法征用、占用，并给公共财产、国家和人民的利益造成重大损失，符合玩忽职守罪的构成要件的，应当以玩忽职守罪定罪。如果没有徇私目的，而滥用职权，非法批准征用、占有土地的，则只有造成公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的，才可构成犯罪，但不是构成本罪，而是滥用职权罪。

2、行为人在实施本罪行为中如果收受贿赂或者出于非法占有的目的共同贪污有关费用如土地征用、占用费用的，又可能触犯他罪如受贿罪、贪污罪，属牵连犯，应择一重罪处罚。