1、阻碍全国统一大市场的形成。我国实行的是社会主义市场经济体制，而市场的统一、开放是社会主义市场经济体制的基本特征。然而行政垄断的实行己经成为建立和完善社会主义市场经济体制的根木障碍。这是因为行政主体的行政垄断总是以某一地区或某一部门的利益为出发点，将该地区或该部门与其他地区或其他部门隔绝开来，形成地区经济封锁和部门经济封锁，从而直接阻碍和破坏全国性统一和开放市场的形成。

非行政主体的行政垄断的行政权较国家行政相对弱小很多，其产生的垄断行为影响范围相对较小，但这并不排除其实是垄断行为的正当性。比如某高校领导要求其下面学院招待来访者必须到某一家宾馆，否则不予报销，很显然，这是一种行政垄断行为，只不过其主体是事业单位，它对其他宾馆的公平竞争同样构成破坏。社会是由许许多多的单位组成的，如果对此不加以规制，那麼，不说全国，就是一个小地区都将分割为许许多多的小市场。

2、滋生腐败，败坏社会风气。行政主体的行政垄断的目的在於保护地区和部门的利益，非行政主体的行政垄断的目的或在於为本组织创收或为个人牟利，它的泛滥使企业不再把精力放在如何通过技术创新和科学管理来进行正当的合法竞争，而是将大量的费用用於行贿，尤其是要取得行政垄断的庇护。这就必然产生官商勾结、权钱交易等腐败现象，从而败坏良好的社会风气。

3、阻碍公平竞争秩序的形成。行政垄断通过“条块分割”和企业差别待遇制等行政手段直接阻碍企业之间的自由和公平的竞争，从而在一定的交易领域直接限制甚至排除了竞争，自然难以期待出现自由、公平和有效竞争的良好秩序。

4、培育、扶植并保护经济垄断(这主要是针对行政主体的行政垄断而言)。少数“政府及其所属部门”往往从维护本地区或本部门的利益出发，采用行政手段，违背市场规律，强制促成企业的合并、重组以及订立垄断协议等，组建了一批集行政管理职能和经营职能於一身的行政性公司从而直接培育、扶植和保护了经济垄断。