单位犯非法经营罪的，对于直接负责的主管人员和其他直接责任人员除依法判处自由刑外，还应并处违法所得一倍以上五倍以下的罚金。在确定罚金数额时，可分以下几种情况判处：

1、能够查清个人违法所得数额的，判处个人违法所得一至五倍的罚金(不能少于一千元)；

2、单位非法经营亏损，个人确实没有违法所得的，根据个人的犯罪情节及缴纳能力，依照最高法院《关于适用财产刑若干问题的规定》，酌情判处不少于一千元的罚金；

3、违法所得名义上归单位占有，实际被个人以各种名目任意挥霍，或者有迹象表明个人从中获利的，可以考虑以名义上归单位的违法所得为基数判处罚金。

总之，应当兼顾两个方面：一是对于严重破坏市场经济秩序的犯罪，一定要依法判处财产刑，决不能让犯罪分子在经济上占到便宜。二是在经济上制裁犯罪时，也应当注意体现刑法的公正性，不能把本应由单位承担的刑罚，转嫁或者同时判给个人承担。

一、非法经营罪会没收财产吗

根据刑法第225条的规定，犯非法经营罪的，处5年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得1倍以上5倍以下罚金；情节特别严重的，处5年以上有期徒刑，并处违法所得1倍以上5倍以下罚金或者没收财产。

根据刑法第231条的规定，单位犯非法经营罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员按照上述法定刑判处刑罚。

因此非法经营罪会没收财产，但是具体如何，得看最后的法院判决。