盈余公积超过了注册资本可以按照流程进行提取，公司法中对公司注册资本最新的规定为：实行注册资本认缴登记制度。以前注册资本是实行实缴制的，实缴制是指企业营业执照上的注册资本是多少，该公司的银行验资账户上就必须有相应数额的资金。

一、股份有限公司设立有两种方式：

1、发起设立：即设立公司时，公司首次发行的股份由发起人全部认足，而不再向社会公众公开募集。这种设立形式中，全体发起人认购的股本总额，就是公司进行设立登记时的注册资本总额。

2、募集设立，即公司设立时，发起人不认足公司首次发行的股份总数，只认购其中的一部分，其余部分公开向社会公众募集

二、申请条件：

1、股份有限公司应当有2人以上为发起人，其中须有过半数的发起人在中国境内有住所；

2、国有企业改建为股份有限公司的，应当采取募集设立方式；

3、有公司名称，建立了符合《公司法》要求的组织机构；

4、有固定的生产经营场所和必要的生产经营条件；

5、经过国务院授权的部门或省级人民政府批准。

三、申请材料：

1、公司法定代表人签署的《公司设立登记申请书》

2、股东对代理人的授权委托书及代理人身份证复印件

3、企业名称预先核准通知书

4、国务院授权的部门或省级人民政府批文，募集设立的股份公司还应当提交国务院证券管理部门的批文

5、法人股东出具的委派人员参加股东会的委派书(盖法人股东公章)及被委派人身份证复印件

6、股东资格证明

根据相关法律的规定，盈余公积在超过法定资金的50%之后，是可以按照既定的流程进行提取的，但是在提取之前，必须要进行利润的分红。但是根据相关法律的规定，公司的盈余公积是不得超过公司在设立时所报的注册资金的。