丈夫失踪后妻子是不可以协议离婚的。只能通过诉讼离婚。根据相关法律规定，对下落不明或者宣告失踪的人提起的有关身份关系的诉讼，应当由由原告住所地或原告经常居住地人民法院管辖。

一、服刑期间怎么办离婚

服刑期间离婚只能选择诉讼离婚的方式。对方在服刑，可以收集对方被判刑原因和刑期的证据，证明是对方的犯罪行为伤害到了夫妻感情，造成夫妻感情破裂，从而要求法院判决离婚。

根据《民事诉讼法》第二十二条规定，下列民事诉讼，由原告住所地人民法院管辖；原告住所地与经常居住地不一致的，由原告经常居住地人民法院管辖：

（一）对不在中华人民共和国领域内居住的人提起的有关身份关系的诉讼；

（二）对下落不明或者宣告失踪的人提起的有关身份关系的诉讼；

（三）对被采取强制性教育措施的人提起的诉讼；

（四）对被监禁的人提起的诉讼。

二、离婚诉讼管辖法院怎么确定

一般来说，离婚诉讼是原告就被告原则，需要在被告的户籍地或者经常居住地基层法院起诉，被告经常居住地和户籍地不一致的，以经常居住地为准。此外，还存在一些特殊情况，由原告住所地人民法院管辖的有：原告住所地与经常居住地不一致的，由原告经常居住地人民法院管辖；例如对不在中华人民共和国领域内居住的人提起的有关身份关系的诉讼；对下落不明或者宣告失踪的人提起的有关身份关系的诉讼；对被采取强制性教育措施的人提起的诉讼；对被监禁的人提起的诉讼；生效的离婚协议明确约定了管辖法院的，以约定为准。

三、离婚案件管辖

对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖;被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。”公民的住所地是指公民的户籍所在地;公民的经常居住地是指公民离开住所地至起诉时已连续居住一年以上的地方，但公民住院就医的地方除外。在被告有经常居住地时，则经常居住地的法院优先于住所地的法院管辖。下列民事诉讼，由原告住所地人民法院管辖;原告住所地与经常居住地不一致的，由原告经常居住地人民法院管辖：对下落不明或者宣告失踪的人提起的有关身份关系的诉讼;对被劳动教养的人提起的诉讼;对被监禁的人提起的诉讼。以上谈到的是地域管辖，但实际上因为有些婚姻案件牵涉到分割财产标的较大，超过了基层人民法院受案标准，因此会归属到中级人民法院管辖。具体划分标准依各地区有所不同。