单位缴纳新入职员工住房公积金的方法是：员工未交过公积金的应根据职工名册办理个人开户，合计出需缴存的公积金总数到公积金中心指定银行交费；员工从其他单位转入的应携带职工公积金转入通知书，填写公积金变更清册、公积金汇缴书交缴公积金。

住房公积金的缴纳

下列单位及其在职职工

1、机关、事业单位；

2、国有企业，城镇集体企业，外商投资企业，港澳台商投资企业，城镇私营企业及其他城镇企业或经济组织；

3、民办非企业单位、社会团体；

4、外国及港澳台商投资企业和其他经济组织常驻代表机构。

城镇个体工商户、自由职业人员，可以申请缴存住房公积金（注：并不是每个社区城市的住房公积金管理中心都允许城镇个体工商户、自由职业人员交纳住房公积金，具体情况请咨询当地住房公积金管理机构）

职工和单位住房公积金的缴存比例均不得低于职工上一年度月平均工资的5％；有条件的城市，可以适当提高缴存比例。具体缴存比例由住房公积金管理委员会拟订，经本级人民政府审核后，报省、自治区、直辖市人民政府批准。城镇个体工商户、自由职业人员住房公积金的月缴存基数原则上按照缴存人上一年度月平均纳税收入计算。

单位不办理住房公积金缴存登记或者不为本单位职工办理住房公积金账户设立手续的，由住房公积金管理中心责令限期办理；逾期不办理的，处1万元以上5万元以下的罚款。

单位逾期不缴或者少缴住房公积金的，由住房公积金管理中心责令限期缴存；逾期仍不缴存的，可以申请人民法院强制执行。

《住房公积金管理条例》第十五条

单位录用职工的，应当自录用之日起30日内到住房公积金管理中心办理缴存登记，并持住房公积金管理中心的审核文件，到受委托银行办理职工住房公积金账户的设立或者转移手续。单位与职工终止劳动关系的，单位应当自劳动关系终止之日起30日内到住房公积金管理中心办理变更登记，并持住房公积金管理中心的审核文件，到受委托银行办理职工住房公积金账户转移或者封存手续。