1、所保护的法益内容不同。本罪侵犯的是发票管理的制度秩序和国家税收征收管理的制度秩序;而后者侵犯的则是国家税收征收管理的制度秩序和公共财产的所有权;

2、在客观要件方面，犯罪手段、方式不同。后者表现为行为人在商品的国内生产、销售环节实施为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开增值税专用发票的行为;后罪表现为行为人在商品的出口环节实施假报出口或者其他骗取出口退税款的行为。

一、相关法律知识：

虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，是指有为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开行为之一的，违反有关规范，使国家造成损失的行为。

虚开增值税专用发票罪的主体包括增值税一般纳税人、小规模纳税人和非增值税纳税人。从主体资格上来看，可将其分为三类。

第一类是有权出售增值税专用发票的税务机关及其工作人员。在整个虚开增值税专用发票罪总数上，这种主体实施此种犯罪所占比例较少，但仍时有发生。

第二类是具有增值税一般纳税人资格的单位和个人。此种主体实施本罪有两种情况：一是为了销售货物，为他人开具“大头小尾”的发票，或者为了多抵扣税款，在购进货物时请他人为自己虚开增值税专用发票。一种是用本单位领取的增值税专用发票，以收取“开票费”为条件，到处为他人虚开增值税专用发票，牟取暴利。

第三类是不具有增值税一般纳税人资格的单位和个人。这些单位和个人，有的通过非法手段，如盗窃、骗取、抢劫、抢夺等获取增值税专用发票；有的则通过拾取、他人赠与、他人转让等方式获得增值税专用发票，然后虚开，借以牟利。他们虚开使用的目的也各不相同，有的是为了自己虚开以骗税、偷税等；有的是为他人虚开以牟取“开票费”等。

二、本罪与它罪的区别

1、本罪与走私罪的界限

这两罪有着本罪的区别，一是侵犯的客体不同，组织他人偷越国(边)境罪侵犯的客体是国家对国(边)境的正常管理秩序；而走私罪侵犯的客体是国家的对外贸易管理制度，其走私的对象是指国家禁止、限制进出口的任何物品，二是客观方面有所不同。前者是非法组织他人偷越国(边)境；而后者则是非法携带、运输国家禁止、限制进出口的物品进出国(边)境。二者相同点是都是非法进出国(边)境，两罪从构成特征上看不难区分，但司法实践中存在着以走私为目的，组织他人偷越国(边)境的行为，对此如何处理，我们认为，走私是目的行为、组织他人偷越国(边)境是为达到走私目的的手段行为，根据本法关于牵连犯的处罚原则，应以其所犯罪行中的重罪论处。

2、本罪与运送他人偷越国(边)境罪的界限

组织他人偷越国(边)罪在客观方面表现为通过拉拢、串连、诱使、煽动等方式，有组织、有计划地安排他人偷越国(边)境的行为；而运送他人偷越国(边)境罪在客观方面则表现为，行为人采用步行的方式陪伴偷渡者或者用车辆、船只、航空器等交通运输工具将偷渡者带出或者运送出入国(边)境的行为。因而，如果行为人组织了一批人偷越国(边)境后，又运送另一批人偷越国(边)境的，则具备了两种犯罪的构成要件，应以组织他人偷越国(边)境罪和运送他人偷越国(边)境罪两个罪名，实行数罪并罚；但如果行为人既组织、又运送同一批人偷越国(边)境的，则属刑法理论中的牵连行为，根据牵连犯“从一重罪处断”的原则，以组织他人偷越国(边)境罪论处；对于直接参与组织他人偷越国(边)境而分工负责运送的，亦应以组织他人偷越国(边)境罪定罪量刑。