我国《民法典》规定：向法院请求保护民事权利的诉讼时效为两年，法律另有规定的除外。除外情形主要指：身体受到伤害要求赔偿的;出售质量不合格商品未声明的;延付或拒付租金的;寄存财物被丢失或损毁的。上述四类情形的诉讼时效为一年。诉讼时效从知道或应当知道权利被侵害时起计算。同时，《民法典》还规定了一些诉讼时效中止、中断、延长的事由。

当事人超过诉讼时效起诉，法院查明后发现没有中止、中断、延长事由的，将对超过诉讼时效部分的诉请不予支持。当然，如对方当事人未提出诉讼时效抗辩的，法院不会主动适用诉讼时效的规定进行裁判。

从你来信中可以看出，虽然还款分成三期，但实为同一笔债务，根据最高法院《关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》，“当事人约定同一债务分期履行的，诉讼时效期间从最后一期履行期限届满之日起计算”。因此，虽然你们公司从2006年起没向对方公司主张过债权，但协议约定的最后一期履行期限是今年2月，所以诉讼时效应从此后起算两年，即在2010年2月前都可以提起诉讼。在这段时间内，你们公司可以通过发信等方式催讨，并注意保管好邮寄凭证、信函回执等证据，那么诉讼时效会因为催讨行为而中断，从催讨之日起再重新计算两年诉讼时效期间，以此保证你们公司的债权能够得到法律保护。