原告仅依据借据、收据、欠条等债权凭证提起民间借贷诉讼，被告抗辩已经偿还借款，被告应当对其主张提供证据证明。被告不能证明其已偿还借款的，应承担偿还义务。

一般的民间借贷纠纷，债权人起诉时只向法院提交借据。借据是证明双方存在借贷关系和借贷关系实际发生的直接证据，具有较强的证明力，除非有确凿的相反证据足以推翻借据记载的内容，法院一般不会轻易否定借据的证明力。对于金额较小的现金交付，债权人做出合理解释的，一般视为出借人已经完成了行为意义上的证明责任，可以认定借贷事实存在。对于大额现金交付的借贷，债权人仅凭借据起诉而未提供付款凭证，债务人对款项交付提出合理异议的，法院可以要求债权人到庭陈述自己的经济能力、现金交付的原因、时间、地点、款项来源、用途等具体事实和经过，并接受对方当事人和法庭的询问，债权人无正当理由拒不到庭的，应当承担相应的法律后果。

所以在民间借贷纠纷案件中，不应简单地将借条作为完全排斥其他证据证明效力的唯一债权凭证。在综合双方提供的证据和诉辩主张后，认为出借人所主张的借款资金来源和交付过程不符合日常经验法则和高度盖然性标准，存在明显不合理性，无法就借款的实际交付形成心证的，应认定借款未实际交付。

原告仅依据借据、收据、欠条等债权凭证提起民间借贷诉讼，被告抗辩已经偿还借款，被告应当对其主张提供证据证明。