农村合作医疗缴费的方式有：

1、参保人员持《新型农村合作医疗证》、《户口薄》到指定的地点办理参合登记；

2、参保人员前往乡镇新农合经办机构缴纳费用。

农村合作医疗每年缴纳时间为每年的11月份到12月份尾，生效时间为次年的1月1日，也就是说农民参加合作医疗必须在每年11－12月参保，次年补交只能在下一年才能生效。

农村合作医疗报销流程如下：

1、参保者出院之后将住院发票、费用清单、出院记录和身份证将交到本乡镇合管所；

2、乡镇合管所经过审核之后，会将符合条件的申请送到市农保业务管理中心；

3、报销医疗费用将会转入参保人指定账户中。

法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十六条

职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。

第二十八条

符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。

第二十九条

参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。

社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。

医保是农村合作医疗吗

农村合作医疗是针对农村人口推行的医保保障政策、福利，农村合作医疗仅属于医保的一部分，医保还包括城镇居民医保、灵活就业人员医保、职工医保，今后农村合作医疗会和城镇居民医保合并，统称为城乡居民医保，届时农村人口可以享受到的医保待遇会更好。

另外，农村合作医疗和其他类型的医保并不能叠加报销，所以，只要参加一种就可以了。