存疑不起诉后再次起诉是合法的，存疑不起诉后需要重新起诉的必须要确定掌握了他人犯罪的证据。作为公安、检察机关也不应忽视客观存在的社会对存疑不起诉人的消极评价，为保障其权利，应加大对存疑不起诉案件的补查力度，尽量缩短查清案件的时间，早日给存疑不起诉人一个有罪无罪的明确结论。对此，有学者提出公诉时效的概念，即对存疑不起诉后再起诉权的行使规定一个合理的期限，从检察机关不起诉决定宣布之日起计算，在该期限内，检察机关对被不起诉人未能提起公诉的，不再保留公诉权。在程序法当中对存疑不起诉以后的撤案流程没有什么特别详细的规定，撤案是由司法机关操作完成的。但在存疑不起诉的案件当中，也有可能该刑事犯罪存在着其他的犯罪嫌疑人，不起诉就不代表公安机关的侦查工作就此结束了。

存疑不起诉的条件

（1）案件已经经过了补充侦查。这是对案件已经经过补充侦查，仍作不起诉决定的时机控制，也是作该决定的程序条件。一般而言，未进一步收集证据就认为不符合起诉条件。

（2）证据不足，不符合起诉条件的。这是指证据不足以充分证明犯罪嫌疑人的罪行，以至于即使提起公诉，法院经过开庭审理，也很可能会宣告被告人无罪。

二、法律依据

根据最高人民检察院《规则》第286条的规定，具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件：

（1）据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的；

（2）犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的；

（3）据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的；

（4）根据证据得出的结论具有其他可能性的。

检察院对存疑不起诉案件的认定应当符合我国法律的相关规定，在司法实践中，对于存疑不起诉案件的认定首先要对是否符合存疑不起诉的条件进行认定，但检察机关有权在后期继续进行立案侦查，如果发现了新的犯罪事实，则还可以继续追究相关责任。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十一条人民检察院审查案件的时候，必须查明：

（一）犯罪事实、情节是否清楚，证据是否确实、充分，犯罪性质和罪名的认定是否正确；

（二）有无遗漏罪行和其他应当追究刑事责任的人；

（三）是否属于不应追究刑事责任的；

（四）有无附带民事诉讼；

（五）侦查活动是否合法。