以非法方式收集的证据的处理方式为：采用刑讯逼、暴力、威胁供等非法方法收集的证人证言、被害人陈述，应予以排除。收集物证、书证不符合法定程序，可能严重影响司法公正的，应予以补正或作出合理解释；不能补正或者作出合理解释的，对该证据应予以排除。在侦查、审查起诉、审判时发现有应当排除的证据的，应依法予以排除。

一、强奸罪没有证据了怎么办

强奸罪没有证据了可以再收集其他证据，因此没有证据指控犯罪的则只能判无罪。证据确实、充分，应当符合以下条件：定罪量刑的事实都有证据证明；据以定案的证据均经法定程序查证属实；综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。

二、只有口供可以定罪吗？

只有口供，没有其他证据相印证，是不能定罪和量刑的。我国《刑事诉讼法》第46条规定：“对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚;没有被告人供述，证据充分确实的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。”

1、只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚;没有被告人供述，证据充分确实的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。

2、严禁刑讯逼供和以威胁、引诱、欺骗以及其他非法的方法获取供述。对于采用刑讯逼供或者威胁、引诱、欺骗等非法的方法取得的被告人供述不能作为证据使用。

3、在法庭审判过程中，合议庭应当充分听取被告人对事实的供述和辩解。对于犯罪嫌疑人供述和辩解、证人证言、被害人陈述的内容中主要情节一致的，或只有个别情节不一致且不影响定罪的，才能确认犯罪事实已经查清，并据此定罪量刑。

三、先行当庭调查什么意思

对于被告人及其辩护人在庭审期间提出的排除非法证据申请，法庭应当首先进行审查，并非一律启动法庭调查程序。司法解释对此规定：“法庭审理过程中，当事人及其辩护人、诉讼代理人申请排除非法证据的，法庭应当进行审查。经审查，对证据收集的合法性有疑问的，应当进行调查；没有疑问的，应当当庭说明情况和理由，继续法庭审理。”可见，在证据合法性调查程序的启动环节，法庭要依法履行审查职责，只有经审查后对证据收集的合法性存在疑问的，才有必要启动调查程序，不能轻易启动该程序。