拆迁楼顶搭建如果是合法的话是有补偿的，但是如果楼顶搭建属于违建则不予补偿。

小区房屋违建处理程序有：

1、由违章建筑所在地乡、镇人民政府组织相关部门、人员进行调查询问、现场勘验，确认是否违法、违规。

2、违章建筑确认后，由违章建筑所在地乡、镇人民政府责令停止违法行为，予以公告，限期当事人自行拆除。

3、由区规建局作出行政处罚决定。

违章建筑主要包括：

（1）未申请或申请未获得批准，并未取得建设用地规划许可证和建设工程规划许可证而建成的建筑物；

（2）擅自改变建设工程规划许可证的规定建成的建筑物；

（3）擅自改变了使用性质建成的建筑物；

（4）临时建筑建设后超过有效期未拆除成为永久性建筑的建筑物；

（5）通过伪造相关材料向主管部门骗取许可证而建成的建筑物。

房屋拆迁补偿的原则有：

（1）按原面积妥善安置原则。

（2）鼓励迁往市区边陲地段和人口稀疏地区的原则。

（3）等价交换原则。

（4）先安置、后拆迁的原则。

《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十四条

市、县级人民政府及其有关部门应当依法加强对建设活动的监督管理，对违反城乡规划进行建设的，依法予以处理。

市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。