苗木免税的增值税普通发票可以抵扣。

《财政部国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》(财税〔2017〕37号)第二条，纳税人购进农产品，按下列规定抵扣进项税额：

(一)除本条第(二)项规定外，纳税人购进农产品，取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书的，以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额;从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和11%的扣除率计算进项税额;取得(开具)农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额。