专利侵权纠纷的处理方式有以下几种：

1、当事人协商解决

专利侵权纠纷是民事纠纷，由当事人自行协商解决，有利于平息纷争，化解矛盾。《专利法》第57条首先提倡这种解决方式。但是协商解决不是请求处理或者起诉的专利侵权纠纷的处理模式一般有协商解决、行政处理、司法解决和诉前临时措施前提条件。当事人不愿意协商的，可以直接通过行政或司法程序处理侵权纠纷。

2、行政处理

由管理专利工作的部门处理专利侵权纠纷是实现专利权保护的重要途径。依《专利法》第57条规定，专利管理机关处理侵权纠纷时，有权认定侵权行为是否成立;认定侵权行为成立的，有权责令侵权人立即停止侵权。对专利管理机关的处理决定，当事人不服的，可以在收到处理通知之日起15天内向法院提起行政诉讼。侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，专利管理机关可以申请人民法院强制执行。

专利管理机关也可以对侵犯专利权的损害赔偿问题进行调解。但损害赔偿属于典型的民事救济方式，专利管理机关只能应当事人的请求进行调解，不作处理决定。调解不成的，当事人可向人民法院提起专利侵权的民事诉讼。

3、司法解决

所谓专利权纠纷的司法解决是指为了有效地对侵犯专利权行为予以制裁，给权利人以适当的补救，维护市场秩序，司法机关给予专利权人以必要的司法救济。当专利权受到不法侵害时，专利权人可以直接向人民法院起诉。依照最高人民法院的规定，专利侵权纠纷的第一审人民法院，是各省、自治区、直辖市人民政府所在地的中级人民法院、各经济特区的中级人民法院及各地高级人民法院指定、经最高人民法院同意的较大城市的中级人民法院。基层人民法院和其他中级人民法院不能作为第一审法院审理专利侵权纠纷案件。

4、诉前临时措施

诉前临时措施，是指在诉讼开始之前，为制止正在实施或即将实施的侵权行为所采取的措施。《专利法》第61条规定：“专利权人或者利害关系人有证据证明他人正在实施或者即将实施侵犯其专利权的行为，如不及时制上将会使其合法权益受到难以弥补的损害的，可以在诉前向人民法院申请采取责令停止有关行为和财产保全的措施。人民法院处理前款申请，适用《中华人民共和国民事诉讼法》第93条至第96条和第99条的规定。”

并不是所有的专利侵权案件都是可以选择协商处理的，必须先要确定侵权者是否已经构成了刑事犯罪。大部分情况下，专利侵权纠纷都是会上诉至人民法院的，这种处理方式，首先需要做的就是收集侵权证据、确定管辖此类案件的法院。