区别：

1、定义不同。控告：是指机关、团体、企事业单位和个人向司法机关揭露违法犯罪事实或犯罪嫌疑人，要求依法予以惩处的行为。控诉：原意为告诉、申诉、陈诉。指向有关机关或公众陈述受害经过，请求对于加害者做出法律的或舆论的制裁的意思。

2、享有权利的主体不同。申诉是指没有上诉权的当事人及其法定代理人对已经发生法律效力的判决、裁定、调解，认为确有错误，向原审人民法院和上级人民法院提出的重新处理的一种诉讼请求。

3、提出的时间不同。申诉是一种补救措施，只发生在判决结果生效以后；控告的目的在于要求依法予以惩处的行为，控告发生在判决以前。

4、针对的对象不同。申诉是事后的补救，申诉的对象是对已经发生法律效力的判决、裁定或者调解；控告是指向司法机关揭露违法犯罪事实或犯罪嫌疑人，控告的对象是犯罪事实或者犯罪嫌疑人。

《刑事诉讼法》第四十九条

辩护人、诉讼代理人认为公安机关、人民检察院、人民法院及其工作人员阻碍其依法行使诉讼权利的，有权向同级或者上一级人民检察院申诉或者控告。人民检察院对申诉或者控告应当及时进行审查，情况属实的，通知有关机关予以纠正。