失踪两年后可以注销户口。公民失踪超过一定年限的，由失踪人员家属或单位、村委会向人民法院申请失踪人员死亡，人民法院根据实际情况做出判决后，才可以注销户口。人民法院接到失踪申请后还要向社会公告3个月寻找失踪人，最后以判决方式宣告失踪。

《中华人民共和国民法典》第四十条自然人下落不明满二年的，利害关系人可以向人民法院申请宣告该自然人为失踪人。束之日起计算。