在停薪留职期间的员工社保问题需要与公司商议，按用人单位规定执行，如劳动合同上注明，停薪留职单位会继续缴纳社保，那么自然可以按照合同上面的规定来，反之则需要员工自行缴纳。

根据目前的司法实践，一般原则下，如果劳动者在停薪留职期间，未与用人单位就社保缴纳问题做相关明确约定或签订书面协议，劳动者虽在停工留薪期内与用人单位仍然保有劳动关系，但实际上没有给用人单位提供过劳务，也不接受用人单位的日常管理，那么，用人单位一般便无义务为劳动者缴纳该期间的社会保险费，劳动者缴纳社保的诉求，一般也不会得到仲裁机构的支持。因此，劳动者再停薪留职之前，最好就社保缴纳的问题与用人单位达成一致，以免影响相关的社保待遇。

一、停薪留职的规定

1、申请停薪留职对象：非统招师范类（含函授、电大、成人、师范类捐资生等）大专及以下毕业生。

2、停薪留职期限：自批准之日起计算满3年。3年后可申请复职或办理继续停薪留职的有关手续（表格附后），复职时间自批准之日起计算。超过批准期限十五日内没有办理相关手续者，按自动离职处理。

3、停薪留职期间，本人的社会养老保险，医疗保险属个人缴纳的部分，自批准之日起15日内到区劳动与社会保障局按规定一次性交清。

4、教师停薪留职期间，可予计算工龄，原单位要对其进行年度考核，考核等级为“不定等次”，教龄不予计算，调整工资按政策正常办理。

二、停薪留职的教学需遵守的要求

1、停薪留职教师要遵纪守法，服从所在中学、中心小学计生跟踪管理，不服从者按擅自离职处理。凡违反《教师法》的有关规定者，除依法处理外，不予办理复职手续。

2、停薪留职手续由本人提出书面申请，学校签署意见，报教育局下文批准并抄送有关科局后，由学校与本人签订协议。

3、停薪留职手续每年集中办理两次，分别于学期开学前十天办理完毕。