总公司撤销分公司应当注销分公司的税务登记证、组织机构代码、营业执照等，然后办理注销登记。

根据《公司登记管理条例》第四十九条规定，分公司被公司撤销、依法责令关闭、吊销营业执照的，公司应当自决定作出之日起30日内向该分公司的公司登记机关申请注销登记。

申请注销登记应当提交公司法定代表人签署的注销登记申请书和分公司的《营业执照》。公司登记机关准予注销登记后，应当收缴分公司的《营业执照》。

一、分公司注销流程

1、办理分公司注销需要到分公司登记的工商部门进行办理。

2、需要带上分公司的营业执照副本到工商局领取分公司注销登记的申请书和指定代表的证明，按照申请书上的要求填写好有关内容。

3、同时办理分公司注销的文件均需要公司签署并盖章。

4、同时工商局要求提交原件和复印件的，还要再复印件上注明与原件一致，同时盖上公司的公章。

二、公司注销制度

（一）公司注销后丧失民事主体资格

根据我国《公司法》规定，公司经过解散、清算、注销登记三项程序后即被注销，公司的法人资格和各种权利义务就归于消灭。经注销登记并公告后，公司终止。由于法人资格的丧失，注销后的公司就丧失了民事主体的地位，也失去了以公司名义行使各种权利的资格和能力。因此，如果公司注销后还有遗留的债权，因原公司已经不存在，也无法以公司的名义行使追索等权利了。

（二）公司注销后的债权问题

通常在公司清算阶段，所有的债权债务都应该了结。清算后，公司的剩余财产由股东取得。但是，由于公司在清算过程中遗漏或无法实现等原因，现实中普遍存在着公司清算后仍然有尚未实现的债权，对于这部分债权的具体实现，目前尚无法律法规作出明确规定。按照现在有法律法规的规定和民法理论理解，随着公司的终结，所有债权债务都应归于消灭。但是，从财产所有权的角度来看，清算后公司未实现的债权，按照其性质，也属于公司的财产，并最终属于股东所有。

（三）公司注销后债权如何实现

根据我国《公司法》的规定，公司经过解散、清算、注销登记等法定程序即被注销。《公司法》、《公司登记管理条例》和《企业破产法》对公司解散、清算和注销作了规定。但由于这些规定比较宽泛，不够全面，导致实践中的很多问题无法找到法律依据，公司相关利害关系人的利益得不到保证，尤其是注销制度。关于注销制度，《公司法》只有第189条作了规定：公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止；《公司登记管理条例》第36～38条规定了申请注销登记的程序性条件。除此之外，对于公司注销后遗留的相关问题，如债权债务、档案材料保存、社会责任等问题各个法律法规都未涉及。而公司注销后的债权的实现，关系到原公司股东的合法利益，从保护公民财产权利的角度而言，具有非常的意义，本文将对此问题进行探讨。