不违法，但是从消防安全角度不建议。《中华人民共和国消防法》第六十一条规定，生产、储存、经营易燃易爆危险品的场所与居住场所设置在同一建筑物内，或者未与居住场所保持安全距离的，责令停产停业，并处五千元以上五万元以下罚款。生产、储存、经营其他物品的场所与居住场所设置在同一建筑物内，不符合消防技术标准的，依照前款规定处罚。

三楼使用二楼商铺楼顶违法吗

属于违法行为。如果买房的时候没有约定二楼商铺楼顶的归属，那么二楼商铺把顶层打通占用顶层商用就可以，但是二楼商铺把顶层打通占用顶层商用也要经过批准，否则也是违法违章行为。根据法律规定，装修人从事住宅室内装饰装修活动，未经批准，不得搭建建筑物、构筑物。

《中华人民共和国消防法》第六十一条生产、储存、经营易燃易爆危险品的场所与居住场所设置在同一建筑物内，或者未与居住场所保持安全距离的，责令停产停业，并处五千元以上五万元以下罚款。生产、储存、经营其他物品的场所与居住场所设置在同一建筑物内，不符合消防技术标准的，依照前款规定处罚。