行政许可案件的重作判决与履行判决有相似之处，其内容均是法院要求行政机关在一定期限履行其法定职责，但它们的区别也是明显的。

第一，重作判决是附带判决，通常从属于撤销判决。而履行判决是独立判决。

第二，判决的内容不同。重作判决是针对被告已经实施的违法许可行为作出的，其内容是要求行政机关重新实施许可行为;而履行判决针对拖延履行职责或对申请不予答复的行为作出的，其内容是要求行政机关履行其法定职责。

由于拒绝许可行为与拖延履行法定职责对申请不予答复的行为均是行政诉讼法规定法院受理的行政行为，而且二类行为被规定于同一条文之中，理论界普遍认为这两类案件属于不履行法定职责案件，法院的判决形式也应当是履行判决。

事实上，拒绝行为是作为行为，不予答复的行为才是不作为行为。履行判决应当仅限于不作为行为，即只能要求拖延履行职责对申请不予答复的行政机关在一定期限内履行其职责，履行职责的结果可能是给予许可或拒绝许可。对于拒绝许可的行为，适用履行判决是不恰当的。因为许可机关此时已经履行了其职责，只是履行的方式为拒绝。所以对此类拒绝行为，应当在审查的基础上，首先判决维持或撤销，然后根据行政机关在此类许可中享有自由裁量权的大小，判决被告重新作出什么样的具体行政行为。如前所述，当行政许可机关自由裁量权缩减为零时，法院就应当判决被告在一定期限内作出许可的行政行为，如果行政机关还享有某种自由裁量权，法院可以在确认许可申请人符合哪些实质要件的基础上，判令被告重新作出许可行为。

当然，在许可案件中，重作判决的前提是："如果违法的具体行政行为被撤销后，行政机关行使职权的问题并没有得到解决，而行政机关又有可能重新作出具体行政行为时，才有必要判决其重新作出具体行政行为。人民法院判决责令被告重新作出具体行政行为，应当在判决书中作出时间限制，行政机关应当在判决书规定时限内重新作出具体行政行为。"此外，法院根据审查的结果，还应明确撤销判决的理由和重新作出行政行为的原则要求，防止行政机关在重新作出具体行政行为时的规避行为。