建设工程合同补充协议是有效的，工程建设是需要签订书面合同的，而补充协议只是主合同的补充约定，不能代替主合同，所以只签订补充协议是无效的。

《中华人民共和国民法典》

第五百一十条合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。

第七百八十九条建设工程合同应当采用书面形式。

（一）质量要求不明确的，按照国家标准、行业标准履行；没有国家标准、行业标准的，按照通常标准或者符合合同目的的特定标准履行。

（二）价款或者报酬不明确的，按照订立合同时履行地的市场价格履行；依法应当执行政府定价或者政府指导价的，按照规定履行。

（三）履行地点不明确，给付货币的，在接受货币一方所在地履行；交付不动产的，在不动产所在地履行；其他标的，在履行义务一方所在地履行。

（四）履行期限不明确的，人可以随时履行，人也可以随时要求履行，但应当给对方必要的准备时间。

（五）履行方式不明确的，按照有利于实现合同目的的方式履行。

一、关于建设工程合同的规定有哪些

《中华人民共和国民法典》

第七百八十八条【建设工程合同定义和种类】建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。

建设工程合同包括工程勘察、设计、施工合同。

第七百八十九条【建设工程合同的形式】建设工程合同应当采用书面形式。

第七百九十条【建设工程招投标活动的原则】建设工程的招标投标活动，应当依照有关法律的规定公开、公平、公正进行。

第七百九十一条【建设工程的发包、承包、分包】发包人可以与总承包人订立建设工程合同，也可以分别与勘察人、设计人、施工人订立勘察、设计、施工承包合同。发包人不得将应当由一个承包人完成的建设工程支解成若干部分发包给数个承包人。

总承包人或者勘察、设计、施工承包人经发包人同意，可以将自己承包的部分工作交由第三人完成。第三人就其完成的工作成果与总承包人或者勘察、设计、施工承包人向发包人承担连带责任。承包人不得将其承包的全部建设工程转包给第三人或者将其承包的全部建设工程支解以后以分包的名义分别转包给第三人。

禁止承包人将工程分包给不具备相应资质条件的单位。禁止分包单位将其承包的工程再分包。建设工程主体结构的施工必须由承包人自行完成。

第七百九十二条【订立国家重大建设工程合同】国家重大建设工程合同，应当按照国家规定的程序和国家批准的投资计划、可行性研究报告等文件订立。

二、建设工程合同的订立原则

（一）主体平等

合同当事人的法律地位平等，一方不得将自己的意志强加给另一方。任何民事主体在法律人格上也是一律平等的，享有独立的人格，不受他人的支配、干涉和控制。

（二）合同自由

当事人依法享有自愿订立合同的权利，任何单位和个人不得非法干预，包括缔结合同、选择缔约相对人、选择合同方式、决定合同内容、解释合同的自愿或自由。

（三）权利义务公平对等

在经济活动中，合同的任何一方当事人既享有权利，也承担相应义务，权利义务相对等。对于显失公平的合同，当事人一方有权要求法院或者仲裁机构予以撤销或变更。

（四）诚实信用

诚实信用，是指民事主体在从事包括合同行为在内的民事活动时，应该诚实守信，以善意的方式行使自己的权利和履行自己的义务，不得有任何欺诈行为。

（五）守法和维护社会公益

当事人订立合同、履行合同，应当遵守法律法规，遵守社会公德，不得扰乱社会经济秩序，损害社会公共利益。