出现医疗事故的赔偿程序根据实际情况而定。发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决，不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。已确定为医疗事故的，卫生行政部门应医疗事故争议双方当事人请求，可以进行医疗事故赔偿调解。

出现医疗事故赔偿纠纷怎么处理

1、与医疗机构协商解决当事人自愿与医疗机构协商解决医疗事故赔偿争议的，应当制作协议书。

协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并且双方当事人在协议书上签名。

2、向医疗机构所在地的卫生行政部门提出调解申请已经确定为医疗事故，并且当事人与医疗机构不愿意协商或者协商不成向卫生行政部门申请调解的，卫生行政部门可以进行医疗事故赔偿调解。

调解应当遵循当事人自愿原则，赔偿数额应当根据《医疗事故处理条例》的规定计算。

经调解，双方当事人就赔偿数额达成协议的，制作调解书，双方当事人应当履行；

调解不成或者经调解达成协议后一方反悔的，卫生行政部门不再调解。

3、向人民法院提起民事诉讼发生医疗事故后，当事人不愿意协商或者协商不成的，可以不经卫生行政部门调解，直接向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，通过法院的判决维护自己的合法权益。

通过上述分析知道，依据《医疗事故处理条例》的规定，医疗机构处理医疗事故有比较多要求，除了及时报告外，还要采取有效措施，防止医疗事故损害扩大，保存相关诊疗记录、保存好使用过的药物等。

《医疗事故处理条例》第四十六条发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。